При работата с EJ COTA, за улеснение на потребителите, са предоставени различни варианти на готови (браншови и типови) сметкоплани с възможност за развитие (адаптиране) на сметкоплана, съгласно спецификата на работа на фирмата. Вградена е готова структура от настроени папки за документи, с възможност за редактиране и доразвиване в съответствие с дейността във фирмата. Разработен е гъвкав апарат за работа със системно зададени многомерни номенклатури, както и за изграждане на потребителски номенклатури. При работа със счетоводни документи се осъществява контрол в реално време по номер на документ, по контрагенти, по функционалности. Разработен е ефективен апарат за автоматизирано разсрочване и ползване на ДДС във времето. Автоматично се генерират протоколите по ВОП. Реализирана е цялостната обработка и контрол на дневниците по ДДС и VIES декларациите. Осъществява се проверка на валиден ДДС номер и автоматично попълване на данни на нови контрагенти регистрирани по ДДС от сайта на европейската комисия за потвърждение на VAT номер. При обработването на първични документи за доставка и продажба може автоматично да се завеждат данните касаещи и модули EJ BONA и EJ FIXA.

EJ COTA осъществява контрол и работи със задълженията от или към контрагенти в реално време. Има възможност за копиране на типови документи и контировки (шаблони), както и на вече обработени документи в минали счетоводни периоди. Широко се използват автоматизирани счетоводни операции (включително автоматично осчетоводяване) при автоматичен обмен на данни между модулите на системата. Всеки обработен документ може да се съхранява в електронен вид чрез сканиране или директно, ако е генериран от модул или система от EJ Systems. Изготвят се и се поддържат електронни счетоводни фирмени досиета.

Модулът предлага многообразие от стандартни и специализирани справки. Поддържат се различни видове оборотни ведомости, главна книга, хронологични и аналитични ведомости. Автоматично се формират Годишните Финансови Отчети. Има разработена функционалност за контрол на фирмените плащания към държавни и местни данъчни институции. В модула има изграден механизъм за контрол на реалните плащания по начислените възнаграждения на персонала на фирмата. Има изграден механизъм за автоматизирано изпращане на съгласувателни писма за проверка на задълженията от/към контрагенти.

Изграден е апарат за импорт на банкови документи от различни български банки. Реализирани са няколко вида импорт на счетоводни документи.

За целите на фирмения мениджмънт в EJ COTA са разработени специални справки, които показват различни аналитични разрези от икономическото състояние на фирмата за произволни периоди от време – разходи, приходи, взаимоотношение с контрагенти и т.н. Има апарат за задаване на бюджет на разходите и следене на изпълнението му по синтетични и аналитични признаци.

Поддържа се многоезичност на потребителския интерфейс – както на екранните форми така и на формираните от програмата справки и документи. Стандартно се поддържа английски език, като втора възможност.